تعد البيئات الساحلية والبحرية في اليمن من أولويات الحياة البيئية لما تتسم به من حساسية وما قد تتعرض له من اخلال بتوازن النظام البيئي القائم.

 ويمكن التركيز في هذا الجانب على أهم البيئات البحرية وهي:-

- السواحل الرملية:- تمتد في معظم شواطئ البحر الأحمر وهي بئية هامة جداً لحضانة السلاحف الخضراء وسلحفاة "اوتيموكوليس امبريكاتاها وكسبيل" فيما تعتبر جزر بريم، زقر وأرخبيل حنيش في البحر الأحمر وجزيرة سقطرى و شرمة وفي السواحل الجنوبية لليمن بيئات ملائمة لحضانة السلاحف البحرية.

- السواحل الصخرية:- تتمثل بيئة الصخور الساحلية على السواحل الجنوبية لليمن في عدن والبريقه وشرق المكلا وخليج شرمة و راس شروين وراس فرتك إلا إن تركيب وتصنيف الكائنات الحيوانية والنباتية المستوطنة للسواحل الصخرية لازالت قيد الدراسة والبحث.

- المسطحات الطينية المالحة:- يطلق عليها  محلياً بالسبخة، وهي من البيئات الشائعة وتتمثل بوضوح في ساحل البحر الأحمر بسبب انحسار المياه لأكثر من كيلومتر أثناء الجزر، وتظهر المسطحات الطينية المالحة مغطاة بالطحالب الخضراء المزرًقة. وبعض النباتات التي تستطيع التكيف مع الملوحة العالية للسبخة مثل "السويدا والفرويتكوسا".

- مستنقعات أشجار الشورى/المانجروف:- تمتد أشجار الشورى (المانجروف) على طول ساحل البحر الأحمر وتتقطع امتدادها بتكوينات نباتية صغيرة  وأحراج النخيل والدوم، وتتواجد في ساحل البحر الأحمر من ميدي حتى اللحية والخوبه، ابن عباس، الصليف الهارونية حتى العرج  ومن جنوب الحديدة حتى الزهارية ووادي الملك-المخا الغريره بالإضافة إلى  الجزر اليمنية أهمها  جزيرة كمران  وتشاهد نباتات الشورى(المانجروف)  في السبخات والاخوار. وتعتبر  مستنقعات الشورى نظاماً بيئياً عالي الإنتاجية، و موطن حضانة وتغذية لبعض الأحياء البحرية مثل الجمبري. وغالباً ما توجد أشجار الشورى في المنطقة الواقعة بين المد والجزر. وعلى امتداد الشواطئ التي تختلط فيها المياه العذبة القادمة من الأودية بمياه البحر. وتتمركز أشجار الشورى بكثافة في البحر الأحمر لارتفاع درجة الحرارة ونسبة الملوحة وتدني نسبة الأكسجين ، ويتحدد دورها في منع تآكل القاع. وتوجد ظاهرة فريدة تتمثل في أشجار الشورى على حواف بحيرة بركانية تكونت في قاع فوهة بركان خامد تسمى خور شوران"خور الشورى" وتقع اليابسة على بعد نصف كيلومتر من  قرية الصيادين بئر علي.

-الشعاب المرجانية:- وتتواجد بيئة الشعاب المرجانية على طول ساحل البحر الأحمر من الشمال الغربي وحتى راس عيسى بالقرب من الحديدة وبين الخوخة حتى باب المندب، وتتواجد الشعاب المرجانية  على طول الساحل الجنوبي الغربي بالقرب من جزيرة بريم وراس العمارة وراس عمران وشقره وكذلك بالقرب من  جزيرة سقطرى.

 وتتميز بيئة الشعاب المرجانية إجمالاً بإنتاجيه عالية. وتنتشر الشعاب المرجانية في المناطق المدارية وتحت المدارية بين 30ْ شمالاً و 30ْ جنوباً وتنحصر في المناطق التي تصل درجة حرارتها إلى أكثر من 18ْم .

وهناك ثلاث أنواع من الشعاب المرجانية في اليمن هي:-

-قطع مرجانية:- وهي عبارة عن قطع مرجانية صغيرة على شكل هضاب منفصلة عن بعضها البعض وأشجار مرجانية منفردة. ويتواجد هذا النوع بشكل متناثر في جنوب  خليج كمران.

-شعاب هامشية:- وتتشكل على هيئة رصيف مرجاني موازٍ لخط الساحل تنمو بعيداً عن الشاطئ وقممها قريبه من سطح الماء تتواجد غرب راس عيسى وجنوب العرج، وما بين يختل وذباب وكذلك ما بين وشقره وبلحاف ووادي ذباب وأرخبيل سقطرى.

-شعاب مرجانية قاعية:- تتواجد على قيعان صلبة وضحله جوار مناطق الخوخة وجنوب الحديدة وجزر حنيش.

 وهناك  ثلاثة عوامل تعيق انتشار الشعاب المرجانية القاعية منها:-

1-ندرة القيعان الصلبة المناسبة لتثبيت الشعاب بسبب العمق الكبير للرواسب الطينية والرف الساحلي الضحل.

2-الرياح الموسمية الجنوبية الغربية وشدة هبوبها تؤثر على الأعماق الضحلة مكونه مناخاً قاسياً غير مستقر في القاع الرخو مما يعمل على أحداث عكورة عالية من الرواسب على طبقة المياه السطحية.

3-المستويات العالية للمواد الغذائية تؤدي إلى نمو الطحالب المنافسة للشعاب المرجانية فضلاً عن ذلك تؤدي ظاهرة الانبثاق"upwelling الابولينج" إلى صعود المياه الباردة إلى أعلى مما يحد من انتشار ونمو الشعاب المرجانية.

-مسطحات الحشائش البحرية:- ويتواجد هذا النوع من البيئات في السواحل الشمالية الغربية لليمن على  البحر الأحمر حيث تكثر النباتات العشبية. وتعتبر مصادر غذائية لبعض أنواع الأسماك. وترتبط محارات الفضة بشكل كبير بهذه المواطن، كما تعتبر مواطن هامة لصغار الجمبري.

تتمتع اليمن بكل أنواع الموائل الساحلية البحرية التي توجد في المناطق المدارية وتشكل المنظومات الايكولوجية لهذه الموائل الطبيعية الأساس للتنوع الحيوي الهائل فيها. كما أن ظاهرة الانبثاقupwelling الناتجة عن حركة التيارات القاعية والظروف الهيدرمترولوجية والتي تؤثر عليها الرياح الموسمية عند هبوبها موازية للساحل في موسمي الصيف والخريف تؤدي إلى صعود المياه الباردة الغنية بالمغذيات وقليلة الأكسجين إلى السطح مما يجعل الهائمات "البلاتكتون والزوبلاكتون" متوفرة بكثافة، حيث تقدر الإنتاجية الأولية في شمال خليج عدن بحوالي 2طن/كم2 مقارنة بمتوسط إنتاجية 5.2طن/كم2 في المياه الاستوائية. وهذه الإنتاجية أساسية في الحلقة الغذائية الأولية التي تعكس وفرة الموارد السمكية خاصة اسماك السطح الصغيرة والأسماك الاقتصادية غير المستغلة، اذ إن هذه الموائل تشكل بمنظوماتها الايكولوجية مناطق تعشيش وتكاثر وتغذية الموارد البحرية.

فالشعاب المرجانية(Fringe Reefs) الخلابة المتعددة الألوان في البحر الأحمر تشكل مأوى ومنطقة تغذية للعديد من الأسماك واسماك الزينة والأحياء البحرية. وتوجد في خليج عدن أمام ساحل بئر علي شعاب مرجانية وسطية بين الشعاب المرجانية الموجودة في البحر الأحمر وبحر العربي. وشوهد فيها اسماك الفراشة، ويوجد 200 نوع من الشعاب المرجانية في جزيرة سقطرى.

وهناك عدد من الشواطئ الملائمة لتعشيش السلاحف البحرية "وهي أربعة أنواع" واهم تلك الشواطئ شرمة حتمون، شرق حضرموت حيث تفقس السلاحف الخضراء green turtles وتعشيش السلاحف ذات المنقار الصخري hawksbills في الشواطئ الصخرية لدمقوت شرق المهرة. وفي قدامة بجزيرة سقطرى تعشش السلاحف ذات الرأس الكبير logger head.

أما الحشائش البحرية فهي مراعٍ هامة تتميز بقدرتها على التكييف والعيش مغموره تحت الماء. وتنمو في المنطقة الممتدة من أدنى حد للجزر حتى 70متر. وتتغذى على الحشائش البحرية نوع holedule  السلاحف الخضراء الموجودة في خور عميرة غرب عدن واللافقاريات أهمها خيار البحر seascomben منها holothurianss.

واهم المجموعات الحيوانية المتوطنة في البيئات البحرية"اليمنية"

- الهائمات العوالق الحيوانية ورصد منها 139 نوعاً تمثل 9مجموعات.

- الاسفنجيات وعددها(8)أنواع(5) منها في سقطرى و (3) في البحر الأحمر.

- الشعاب المرجانية الصلبة والناعمة ورصدت منها ما يفوق 200نوع.

- الرخويات mollusks سجل منها 950نوعاً في البحر الأحمر (4) أنواع في خليج عدن و(4) أنواع في سقطرى.

- القنفذيات echinodenmata سجل منها 157نوعاً.

- السلاحف البحرية سجل منها 4 أنواع.

- الثدييات البحرية رصد منها الدولفين والحيتان.

المجموعات السمكية، ورصد من 62 عائلة و416 نوعاً  في البحر الأحمـر وفي سقطرى 35 عائلة و 169 نوعاً، أما في خليج عدن وبحر العرب فيمتازان بتنوع وتعدد مواردهما السمكية حيث سجلت الأسماك الغضروفية حوالي 60عائلة في خليج عدن وبحر العرب.